Bij de dood van zijn vader in 1584 erfde Filips Willem het vorstendom Oranje en verkreeg hij de titel “Heer van Diest”. Filips Willem verbleef toen echter al sinds 1568 als gijzelaar in Spanje en mocht pas in 1596 weer naar de Republiek der Zeven Verenigde Nederlanden reizen.
In 1602 maakte Prins Filips Willem van Oranje zijn blije intrede in Diest.
Tijdens het Twaalfjarig Bestand (1609-1621) tussen wat de meeste historici duiden als de Republiek der Zeven Verenigde Nederlanden en de Spaanse Kroon werden de vijandelijkheden opgeschort en kon Diest zijn wonden helen en de opgelopen schade beginnen te herstellen. Gebouwen werden gerestaureerd of heropgebouwd en de handel herleefde volop. Niet voor lang echter, want in het tweede kwart van de zeventiende eeuw hervatte het wapengekletter.
In 1614 vestigen de Augustijnen zich in Diest en krijgen de Sint-Barbarakapel toegewezen.
Tussen 1632 en 1636 heerst De Pest in Diest waardoor talloze inwoners kwamen te overlijden.
In 1635 werd de stad bezet door een Hollands-Frans leger met de intentie om de volledige Zuidelijke Nederlanden nadien onderling te verdelen, hetgeen echter faliekant afliep. Ook in de daaropvolgende invasiepogingen van de Franse Zonnekoning Lodewijk XIV was Diest meermaals het slachtoffer van beschietingen, belegeringen en ongewenste inkwartieringen.
